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Plus d’un an après, c’est le blog revival !

À quelle occasion ? Celle du début de mon stage en hollande dans un laboratoire de biologie et bioinformatique.

Accueilli pour mon stage de fin de 4ème année, ma mission est simple : implémenter un algorithme de Gillespie, pour tester la cellule virtuelle.

La cellule virtuelle

Le but est de créer une cellule minimale par une méthode d’algorithme génétique. (Un article suivra pour expliquer le principe de cet algorithme).

L’algorithme génétique étant un algorithme évolutif, il est important de définir si la cellule est plus ou moins viable, fait plus ou moins ce qu’elle doit. On parle de fitness.

Pour une cellule, les scientifiques ayant développé et cherché une cellule virtuelle sont parti du principe qu’une des choses essentielles pour une cellule est d’être capable de maintenir son homéostasie, c’est à dire à maintenir son équilibre en dépit des variations qu’elle peut subir.

La cellule est celle défini par Alex A Neyfakh dans son article publié le 17 Août 2006 dans Biology Direct.

On considère deux types de petites molécules. A et X. A est disponible dans le milieu et X est une molécule porteuse d’énergie.  Il existe aussi des protéines de différent type : des enzymes catalysant le métabolisme d’A en X et des enzymes catalysant l’anabolisme de A et X en déchet; des pompes qui permettent de faire entrer A dans la cellule, des facteurs de transcription, recevant un ligand et pouvant se lier à un opérateur (une séquence sur le code génétique).

Ces protéines sont codées par des gènes. Dans l’article, pas de codage du gène nécessitant une traduction. On stocke juste des paramètres, un numéro de séquence opérateur, etc…

Ces protéines peuvent être créées, dégradées.

Dans l’article, le métabolisme de la cellule, c’est à dire l’évolution des concentrations des petites et grosses molécules est suivi par simulation des équations différentielles, une méthode dite déterministe.

Algorithme de Gillespie

Une autre voie serait de simuler cette évolution par une méthode stochastique. C’est le principe de l’algorithme de Gillespie.

Je vous expliquerai bientôt en quoi consiste cet algorithme et quelles modifications je dois lui apporter pour l’adapter au problème et les raisons de ces modifications et enfin, le modèle que j’ai choisi d’adopter.

Il est l’heure d’aller dormir !

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Pas de commentaire

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À mon emploi du temps j’ai depuis quelques semaines et pour encore quelques autres un cours intitulé « communication scientifique ». Il s’agit en fait de nous donner des outils et des principes pour réaliser des articles scientifiques, des rapports et aussi faire des interventions orales avec support.

La première étape a été de nous apprendre à utiliser LaTeX. J’en profite au passage pour saluer le 5ème framabook, sorti il y a quelques jours sur le LaTeX : Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur LaTex sans jamais oser le demander de Vincent Lozano.

Pour produire des présentations, on nous a proposé une classe nommée Beamer, actuellement ce qu’on fait de plus efficace pour celà. Le rendu est très propre, il est relativement simple de créer des effets d’apparition/disparition, l’inclusion automatique d’une table des matières pour suivre le fil de la conférence/ de l’exposé est possible…

Mais ce qui fait à mes yeux la plus grande force de Beamer c’est la possibilité de rééditer sous différentes versions papier :

\documentclass[10pt, green]{beamer}
%version standard

\documentclass[class=article, a4paper]{beamer}
% article destine à l’impression

\documentclass[10pt, green, handout]{beamer}
% version imprimable pour assistance

\documentclass[10pt, green, handout, notes=show]{beamer}
% version imprimable avec notes d’orateur

L’option class=article transforme le diaporama en un texte éditable réalisé avec la class article. C’est peut-être l’option la plus intéressante !

L’option handout fusionne les différentes étapes d’un même slide (ex : apparition d’éléments d’une liste un à un) pour faire une version papier pour les auditeurs.

L’option notes=show permet à l’orateur de faire s’afficher ses commentaires.

source : http://mirabellug.org/wikini/upload/Documentations_beamer_article.pdf

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1 commentaire
  1. Fork

    Yesss !
    LaTeX c’est chouette, et beamer aussi (j’avais fait les slides de la présentation du TP transversal avec).

    Je viens d’ailleurs de passer un certain nombre d’heures à faire mon compte-rendu de TP d’algo sous LaTeX, et j’ai pu apprécier certains outils plutôt puissants, ou comment traduire un .c en un .tex avec un belle mise en valeur des mots clef et des commentaires.

humeurs humeur brunocb tux terre g1 et sa lune pitit Vive les vacances !humeurs perso tim anthony manuel exclamation tux pitit Vive les vacances !Vive les vacances !

L’information est tombée hier sur nos téléscripteurs, je suis admis !

Donc BIM le Flo ! Et j’en profite pour féliciter tout un tas de monde qui s’il vient un jour ici se reconnaîtra !

Et vive les mathématiques, l’informatique et la biologie qui seront mes sujets d’étude pour les trois années à venir !

humeurs icon biggrin Vive les vacances !

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3 commentaires
  1. neurone

    ouaiii bravo pour BIM !

    (et vive l’info !)

  2. Florck

    Merci ! Les félicitations sont réciproques !!

    Et tu as raison, vive l’info !

    PS : tu es la première personne à laisser un commentaire !

  3. leneurone

    la première, mais pas la dernière, et franchement, tu devras m’être éternellement reconnaissant pour une telle faveur.

    J’attends les offrandes en chocolat, fruits secs, et toute nourriture que tu voudras (sauf épinards et salsifis, et je n’ai ni four ni micro-ondes). En PC neufs et puissants ça marche aussi. Tu peux aussi laisser libre cours à ton imagination.

humeurs humeur brunocb tux terre g1 et sa lune pitit Admissionhumeurs perso tim anthony manuel exclamation tux pitit AdmissionAdmission

Ça y est, c’est officiel, j’aurai le plaisir de poursuivre mes études en 3ème année dans mon école favorite !

Pour le moment je ne sais pas encore quelle spécialité… Bio Informatique (BIM) ?

En attendant, bah euh… Une petite blague ?

L’histoire de BIM le Flo ? C’est la fin de l’année et BIM le Flo !

humeurs icon wink Admission

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1 commentaire
  1. Paul

    C’est moins drôle avec GCU bizarrement.

    Encore bravo en tout cas!